Aceguá, deriva da palavra Yaciguay, que em Guarani quer dizer: Seio da Lua, Terra Alta e Fria ou Divisa. Os índios Guaranis, ao que tudo indica, já habitavam, eventualmente, a localidade de Aceguá, antes do descobrimento do Brasil, que por ter uma pequena altitude em relação ao nível do mar se tornava uma região estratégica para observação e caça.
O clima da cidade que divide Brasil e Uruguai é variado e bem definido, ou seja, as quatro estações são marcantes. As temperaturas extremas variam de -5ºC até 38ºC.
Na localidade, a fauna e a flora são diversificadas. A flora nativa impressiona pela qualidade das gramíneas. Aves e mamíferos típicos da região, como zorrilho, capincho, veado, ema, joão-de-barro, entre outros, são facilmente vistos nos campos.
Apesar de historiadores acreditarem que a cidade é habitada há mais de quinhentos anos, os primeiros registros textuais datam de 1752, quando o índio Sepé Tiarajú, barrou os trabalhos das Coroas Ibéricas que vieram cumprir o Tratado de Madrid.
Na história, Aceguá foi rota de passagem em momentos históricos, como em 1773 que Vertiz y Salcedo cruzaram a cidade a fim de fundar o Forte Santa Tecla. Em 1811, D. Diogo de Souza passou para conquistar Montevidéu com três mil soldados. E em 1893, quando Gumercindo Saraiva entra no território Rio Grandense para deflagrar a Revolução Federalista.
Após alguns tratados de território e de limite, em 09 de maio de 1915, o Presidente da Província, Borges de Medeiros, reuniu-se com o Presidente de Aceguá, Feliciano Vieira, para a inauguração do Marco número 1, em homenagem ao Barão de Rio Branco. Em 16 de abril, através da lei 10.766, o município de Aceguá é criado. Em 1º de janeiro de 2001, é implantado o município com a posse do primeiro prefeito.